朱晓文介绍说，目前我国电子政务建设过程中存在的主要问题首先是缺乏总体规划。目前很多企业是“打补丁式”的应用建设思路，造成资源不共享、应用不集成、界面不统一，各自为战，形成信息孤岛；其次，过于依靠自身技术力量。但自行开发基础应用，开发效率低，可用性差，难以实现应用之间的互联互通，同时整体架构不灵活，不利于新应用的增加。可以说，我国电子政务系统运营管理水平急需提高，这要借助一定的技术手段实现。朱晓文表示，其中关键还在于提高管理理念。实现一个电子政务系统的可持续发展，首先要树立一个总体规划，然后按照这个前景能够分阶段实施。关注并解决一些重点问题，尤其是基础、架构、标准、信息共享、数据的安全、保存等等。
目前，我国各部门的信息相对独立，这一现状不可回避。朱晓文建议，建立一个灵活的软件基础架构，承接历史，能够照顾现状，同时也考虑将来。新架构必须能够包容原有系统，同时集成、整合现有相对孤立的信息，制定新应用的接入规范。从而为政府应用系统的开发建设提供支撑服务功能，为使用者提供一个安全、稳定、易用的应用环境，为系统管理员提供易于管理的ＩＴ系统。通过对原有应用的“外科式”改造，实现互联互通和集成整合，为新应用的接入提供明确的数据接口、应用接口、用户接口的规范与服务，实现新应用的即插即用。
依据微软以往的经验，朱晓文提出，电子政务建设应当包括整体规划、系统开发、项目管理、运行与维护以及安全与管理等多个方面。