１．电子政务建设得到了领导的高度重视，但各级领导认识不统一，理解不够深入，没有形成建设的合力
目前，地方各级政府均对电子政务建设的重要性有不同程度的认识，各级领导也普遍将电子政务建设提升到抓住机遇，转变政府职能，改善政府服务的高度来认识。但究竟什么是电子政务，电子政务在工作中能够发挥多大的作用，认识并不清楚，有的把电子政务仅仅当作政府部门的计算机化，不重视软件的开发和政府业务流程的整合，而是用计算机系统去模仿传统的手工政务处理模式，结果很多政府部门的计算机设备成为高级打字工具，没有发挥应有的作用。有的简单地把电子政务等同于政府上网，以为把政府一些政策、法规、条例搬上网络就万事大吉，没有把传统的政务工作同网络服务有机地结合起来。对电子政务的系统性及其在信息化建设当中的地位缺乏认识。
由于国内对电子政务各种概念的争论和炒作，产生了不少电子政务概念上的误区。电子政务建设中各应用系统强调本身的重要性、独立性，国家各部委都有各自的政策性文件规定本系统的建设，使地方政府在建设中无所适从。信息安全管理上边界的模糊，标准不清，安全与开放共享的限度争论不休等，都使没有时间长期跟踪和研究电子政务建设的各级领导对电子政务有着不同的理解。此外电子政务的核心是“政务”，而目前地方政府的改革处于动态的进行过程，对地方政府行政理念的模糊，各级政府部门对本身行政行为中存在的职能交叉，政府服务缺位、错位、不到位的现象进行调整，也产生了不同的电子政务需求理解。
推进电子政务可以给商家、百姓、社会带来的益处早已被人们所认识，但如何将信息技术溶入政务流程，确实不是一件轻而易举的事情。信息技术在政务工作中使用的前提：要求接受者是理性的、科学的、规范的，或者接受方有着强烈的使用愿望方可实施。那么实施电子政务的关键在于政府最高决策者对于使用信息技术的认知程度，政府部门最高决策的力度决定了电子政务实施的有效程度。
目前，各地方政府进行电子政务建设时虽得到了领导高度重视，而推进时却心中无底，难以决策。各级负责具体建设的领导们又常常各执一词，进行项目建设时各自为政，步骤不协调，难以形成共同建设的合力，往往使各地方政府电子政务建设规划流于形式，公共平台和资源共享目标难以达到。
２．电子政务工作机构比较健全，但工作机制不够顺畅
各级地方政府中基本都成立了电子政务建设领导小组，名称虽不尽相同，规格都比校高，一般是主要行政首长担任领导小组的组长。各级各部门大多有专门的信息办，指导本地电子政务建设，也有相应的信息中心承担具体的项目建设。不少地方政府还成立了专门的专家咨询委员会，以备项目审查和咨询。应该说各地方政府的电子政务建设机构比较健全，但工作机制不顺畅，作用也很有限。主要表现在：一是体制不顺。如，国家信息办公室归国务院领导，但地方政府的信息办公室或称信息中心则有的地方归政府办公室领导，有的地方归科技部门领导，有的地方属于政府的职能部门，有的地方则成了事业单位。二是职能不清。本来政府部门的电子政务领导机构应统一领导、管理电子政务工作，但现在普遍担负不起这个任务。即政府对公众的电子政务和政府对企业的电子政务服务等没有对应的部门统筹管理。甚至有些机构重复设置，职能交叉，互相掣肘。如电子政务的安全管理，一般的地方政府进行电子政务建设时都受到保密局、机要局、国家安全局、公安局、信息办等多个部门的管理，但每个部门进行管理时权责边界并不十分清楚，特别是工作的标准没有明确具体的规定，致使建设与安全成为长期争论不清的矛盾，关键部门的电子政务应用难以顺畅开展，对信息资源共享的阻碍尤为明显。公共项目的建设和运行中，同级政府中负责建设和使用机构间矛盾也比较突出。
３．电子政务建设与行政体制改革的融合度不够
电子政务建设属一项利国利民的创新工程，“电子政务”的关键是“政务”，而不是“电子”。但长期以来各地各级政府由于对信息技术了解有限，不少领导者只是把电子政务当成一种新技术，以为只要投资，有了硬件设备就算建成电子政务。对如何将技术与政务有机结合的问题缺乏认真研究，特别是对于在建设电子政务过程中可以改造、优化政务结构与工作流程缺乏足够的认识，没有理解到提高电子政务水平的关键不在于技术，而在于对政府行为、公共管理行为的研究和改进。在政府决策层面，电子政务建设与行政体制改革几乎是相互独立的两件事。
４．信息资源共享的基础薄弱，体制障碍难以突破
改变政府目前信息采集、信息登记、信息交换、信息发布等政务信息流过程中的一系列体制问题（如条条分割、块块独立，政府业务流程管理，政府信息保密、共享、公开体制等），形成与信息化相适应的政府行政办公机制。从根本上解决部门和领域信息割据、网络不能互联互通、信息不能共享、低水平重复建设、信息安全隐患等要害问题。
５．电子政务建设框架中关键问题亟待进一步明确
地方政府在进行电子政务建设时，很大程度上受到国家政策的影响，在国家电子政务起步阶段，总体框架并不明确，地方政府的建设依据往往是各部委的文件，当时执行的最多的是国办下发关于电子政务建设的文件，在“三网一库”的框架下进行建设。２００２年中办、国办联合下发１７号文件后，根据文件精神，地方地府的电子政务建设按“二网、一站、四库、十二金”的框架开展，建设总体框架的争执才逐步统一。
然而，地方政府建设电子政务过程，国家电子政务框架下的一些关键问题不够明确，执行难度较大。如国家规定电子政务的网络由“政务内网”和“政务外网”两部分构成，二者间实行物理隔离。“政务内网”主要是副省级以上政务部门办公网，与副省级以下部门物理隔离；“政务外网”是政府的业务专网，主要运行政务部门面向社会的专业性服务和不需在内网上运行的业务。尽管内外网络结构划分有了明确的规定，但其中的问题依然复杂。“政务内网”从中央到省一级已基本明确，但是从省到市、县、乡镇，究竟应该延伸到哪一级、什么建设规模，目前没有统一规定。省一级部门的业务系统如何与下一级部门业务系统相连接，如上一级部分业务在政务内网，下一级业务系统在政务外网，中间采用了物理隔离，不能进行信息交换，业务系统该怎么建？如果都建在政务内网上，对外服务又怎么办？都建在政务外网上，安全又怎么办？信息安全方面的原则性的规定比较多，而矛盾性的规定也比较多，如政府信息以公开为原则，又要做到安全保密，那么到底按什么规定进行信息保密，采取什么级别的保密措施，信息安全域划分的政策法规依据是什么？诸多问题困扰着地方政府电子政务建设，亟待明确解决。
６．保障电子政务建设的法律、法规还不完善
电子政务建设离不开良好的法律法规环境。为了促进电子政务的发展，世界主要发达国家都制定或修改了相关法律。我国目前电子政务的法律法规很不健全，只是由行政机关对互联网管理出台了一些限制性的行政法规。政府信息化缺乏基本的法律和制度保障。如缺少政府信息公开法、政府信息资源管理法。原有的一些法律已不能适应信息化发展的要求。
各级地方政府为规范本地电子政务建设，纷纷出台一些地方法规或政策性文件，由于没有上位法的支撑，也由于电子政务建设中许多问题处于探索阶段，出台的政策法规不成体系，效力有限。电子政务建设中由于体制原因，以及部门利益的驱动，也使地方政府出台的电子政务建设规约性的规定执行难度大。
７．安全管理过度缺位问题突出，系统防范机制不健全
政务活动不同于商务活动，它关系到党政军各部门、国民经济各系统乃至整个国家的最高利益。安全是电子政务建设应该考虑的首要建设原则。在安全问题上，不能简单理解为物理隔离就安全，也不是一句“谁上网谁负责”就明确了责任。由于各地方政府都有多家涉及安全管理的行政部门，但没有一家在系统完整地考虑电子政务建设的总体安全问题，加之各部门要求不明确，职能有交叉且难协调，国内真正系统而有效地建立安全防范机制的地方政府几乎没有。
此外，目前各地方在进行电子政务建设时，安全和开放是很难把握的一对矛盾，一方面是政务公开，改善公共服务的要求，另一方面又有国家安全、信息保密、社会稳定、舆论导向等方面的规定要遵守，而面对安全方面的问题，有关职能部门的指导和解释常常模糊片面，说到不安全谁都能管，问到什么情况下安全就都不能做出明确的指导。在具体项目或工作的指导中又常常过度强调安全，如果将物理隔离、安全防护等手段完全到位，常见的情况是不但使涉及敏感信息的核心应用系统难以收到应用效果，也并没有做到电子政务的安全。
８．缺乏固定的研究团队和稳定的技术队伍
地方政府的电子政务在技术支撑方面面临两个重要的缺陷，一是电子政务建设中新情况、新问题层出不穷，却没有支撑的研究团队跟踪研究并及时提出解决方案，地方政府对这样的研究团队既“养不起”，也“养不好”，更没有引起足够的重视并采取措施。电子政务的承担部门常常采取头痛医头、脚疼医脚的办法来处理面临的问题，又何谈适时地出台地方标准、各类技术规范、及时处理系统间共享技术问题。二是政府公务员普遍应用水平不高，就是电子政务承建部门由于体制、待遇等方面的原因也难以保持一支较为稳定的技术队伍。新的电子政务项目建设还好说，可以一次性的对外合作，由市场主体实施，但系统建成后的运行、培训、维护、升级都成了麻烦事，在政府进行服务外包机制没有形成的条件下，成为影响系统运行效果的瓶颈问题。
９．现有公务员的信息化应用技能不高
任何信息化工程成效如何，关键在人。电子政务也不例外，如果没有人用或没有会应用的人，再好的应用系统也是形同虚设。
当前，地方政府的人力状况无法满足电子政务发展的客观要求。在政府部门能够熟练掌握电脑和网络的公务员数量十分有限。同时公务员受到电子政务和传统政务工作方式的双重压力，在电子政务的建设阶段，不可避免地要求公务员在承担传统方式的政务工作的同时，又能够适应电子政务的需要，而许多公务员本身的思维惯性和工作压力使其主动适应电子政务要求的思想动力不足，越是基层政府人员素质差距越大，具体工作的压力越大，思维的惰性和惯性阻力也越大。加之有时相关部门组织的学习培训枯燥难懂，学过就忘，效果不明显，公务员信息技术应用水平不高的问题一直未得到很好解决。