我们分析认为，我国的电子政务仍然在“摸着石头过河”，仍然处于“混沌”状态，现今该开始沉淀了。有些问题已经成为电子政务发展的“绊脚石”，必须给予高度重视并对解决问题的思路达成共识。
一、电子政务战略目标不明朗，重大项目的需求边界不清晰，建设内容追求“大而全”，且效益目标不明确。从围绕“12金”的各重大项目建议书总体情况来看，存在两种普遍现象，阻碍项目立项。一是项目建议书提出的应用需求普遍上“大而全”，需求边界不清晰，重点不突出。二是项目建议书提出的建设目标不明确，多数在描述社会效益，无法量化评估。第一种现象导致的结果是：投资过大，使得有限的财力“没有用在刀刃上”；第二种现象导致的结果是：模糊目标给“豆腐渣”工程带来可乘之机，无法有效对项目进行验收，投资“黑洞”风险大。
二、部门自成体系现象严重，跨部门应用系统设计成了部门内系统，完整的电子政务体系被隔离成一个个独立的“烟囱”。这个问题是“十五”期间电子政务设计最为突出的问题之一，也是很多“金字”工程未能通过立项审批的重要原因之一。大多数跨部门的重点业务系统被牵头部门设计成了部门内系统，资源共建、共享模式没有达成共识，自建、自用和自成体系的电子政务建设模式明显，一个完整的电子政务体系人为地割裂成了一个个“烟囱”，潜在的“信息孤岛”风险突出，政府协同能力受到极大牵制。
三、缺乏有效的绩效评估体系和评估制度，重建设轻应用、重电子轻政务，仍然突出，电子政务投资存在很大风险。据我们统计，我国政府2004年电子政务投资额为412亿元，占全国所有行业IT投资的10%左右。我们预测，2005年我国政府IT投资将实现482亿元，2009年将达860亿元，复合增长率为15.9%。对于如此大额投资，没有科学的绩效评估，叫人如何放心得下。
我国电子政务发展已经到了一个“关口”时期，除了正视和解决以上问题以外，我们认为还必须提醒：第一，由于目前我国经济社会发展中的问题很多，但是政府财力有限，电子政务必须紧紧围绕国民经济和社会发展中的核心问题、热点问题开展，我国远没有进入全盘信息化的时期，一定不能照搬西方模式。第二，我国社会正处于转型之中，政府职能、业务流程和产业结构中的变数太多，电子政务建设必须考虑我国社会转型特点，电子政务设计和建设要结合这些不确定因素，绝不能从理论概念、理想模型出发。