2007年2月27日上午，中共中央、国务院在京隆重举行国家科学技术奖励大会，颁发2006年度国家最高科学技术奖和国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖、国际科学技术合作奖。长城计算机软件与系统有限公司与国家税务总局、航天信息股份有限公司联合承担的“金税工程增值税征管信息系统”项目，荣获国家科技进步奖二等奖(序号137、编号J-220-2-13)。

被朱镕基总理喻为“增值税的生命线”的“金税工程”，是运用高科技手段来加强税收征管和监控，防止税收流失，遏制增值税发票犯罪，巩固税制改革的具有跨世纪意义的国民经济信息化战略的一项全国性工程。“金税工程”由防伪税控开票、防伪税控认证、增值税计算机稽核、增值税发票协查管理四个子系统组成。从 1994年开始，长城软件公司即凭借雄厚的技术实力，良好的服务信誉投身于“金税工程”的建设当中，承担了“金税工程”的增值税计算机稽核、增值税发票协查管理两个系统的设计、实施和服务等工作。在多年应用建设的基础上，长城软件形成了覆盖增值税所有税务业务的完整解决方案。

长城软件设计、开发、部署、运行的增值税计算机稽核系统和增值税发票协查管理系统在全国税务网络开通运行以来，这两个系统在全国近4000个税务机关正常运行并取得了显著的效果，也是目前唯一运行在全国税务四级网络的应用系统。目前长城软件正积极准备参加“金税三期”的工程建设。